세액공제·감면
연구개발비 세액공제, 직원 열 명 회사도 받을 수 있나
연구개발전담부서를 등록하고 연구원 인건비를 지출하면 그 25%를 세금에서 뺍니다. 최저한세도 농어촌특별세도 없어 소규모 기술 회사에 가장 유리한 공제입니다.
"연구소는 큰 회사나 하는 거 아닌가요"라는 말을 자주 듣습니다. 실제로는 개발자 두 명이 있는 소프트웨어 회사, 디자이너가 자체 제품을 만드는 디자인 회사, 새 메뉴나 배합을 개발하는 식품 제조업체가 이 공제를 받습니다. 요건은 연구개발전담부서를 등록하는 것 하나이고, 그 뒤로는 연구원 인건비의 25%가 매년 세금에서 빠집니다. 결론부터 정리하면 다음과 같습니다.
핵심 요약
· 공제율(중소기업): 연구·인력개발비의 25%, 또는 전년 대비 증가분의 50% 중 유리한 쪽
· 전제: 한국산업기술진흥협회에 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 인정 신고
· 대상 비용: 연구전담요원·연구보조원 인건비(4대보험 회사 부담분 포함), 연구용 재료비, 위탁연구비
· 혜택: 중소기업은 최저한세 적용 제외, 농어촌특별세 비과세, 다른 감면·공제와 중복 가능
· 증빙: 연구개발계획서·보고서·연구노트 5년 보관, 국세청 사전심사로 위험 제거 가능
연구개발전담부서는 어떻게 만드나
기업부설연구소는 별도 공간과 일정 인원이 필요하지만, 연구개발전담부서는 소규모 회사도 만들 수 있습니다. 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 온라인으로 신고하면 되고, 핵심 요건은 연구전담요원이 다른 업무를 겸하지 않고 연구개발만 하는 것입니다. 연구전담요원의 최소 인원은 회사 유형에 따라 다른데, 전담부서는 1명부터 가능하고 기업부설연구소는 소기업 기준 2~3명입니다. 자연계 학사 이상이거나 관련 경력이 있어야 연구전담요원으로 인정됩니다.
연구개발전담부서로 인정받으면 그날 이후 발생한 비용부터 공제 대상이 됩니다. 인정 전에 쓴 개발비는 아무리 실질이 연구개발이라도 공제되지 않으므로, 개발 인력을 채용하는 시점에 전담부서 신고를 같이 하는 것이 맞습니다.
어떤 비용이 공제되나
| 비용 항목 | 공제 여부 |
|---|---|
| 연구전담요원·연구보조원 인건비 (급여, 상여, 4대보험 회사 부담분) | 대상 |
| 연구용 재료비, 시약, 견본품, 시제품 제작비 | 대상 |
| 대학·연구기관·다른 기업에 맡긴 위탁·공동연구개발비 | 대상 |
| 직원 위탁 훈련비, 사내 직업능력개발훈련비 등 인력개발비 | 대상 |
| 연구전담요원의 퇴직급여, 퇴직보험료 | 제외 |
| 주주인 임원 중 지분 요건을 넘는 사람의 인건비 | 제외 |
| 정부 출연금·보조금으로 지출한 연구비 | 제외 |
| 전담부서 인정 전에 발생한 비용, 연구 외 업무 겸직자 인건비 | 제외 |
실무에서 공제액 대부분은 인건비입니다. 대표가 직접 개발을 하는 경우 대표는 임원이라 지분 요건에 걸려 제외되는 것이 보통이고, 개발자 직원의 인건비가 핵심입니다.
실제 숫자로 보면
강남의 소프트웨어 개발 법인이 연구개발전담부서를 등록하고 개발자 2명(연봉 합계 8,000만원, 4대보험 회사 부담분 약 800만원)을 전담요원으로 두고, 클라우드·테스트 장비 재료비 1,000만원을 쓴 경우입니다.
| 연구개발전담부서 운영 1년 | 금액 |
|---|---|
| 연구전담요원 인건비 (4대보험 포함) | 8,800만원 |
| 연구용 재료비 | 1,000만원 |
| 연구·인력개발비 합계 | 9,800만원 |
| 세액공제 (25%) | 2,450만원 |
| 농어촌특별세 | 없음 |
| 최저한세 | 적용 안 됨 (중소기업) |
| 실제 절감 | 2,450만원 |
과세표준 1억원인 회사라면 법인세 1,000만원이 전액 없어지고 나머지 1,450만원은 10년간 이월됩니다. 통합투자세액공제나 통합고용세액공제는 최저한세와 농어촌특별세 때문에 명목 공제액보다 실제 효과가 작은데, 이 공제는 중소기업에 한해 둘 다 적용되지 않아 명목과 실제가 같습니다. 그래서 개발 인력이 있는 소규모 회사에 가장 효율이 좋은 공제입니다.
전년보다 연구개발비가 크게 늘었다면 증가분의 50%를 공제하는 방식을 고를 수도 있습니다. 직전 연도 지출이 있고 직전 4년 평균 이상일 때 선택할 수 있고, 매년 유리한 방식을 다시 고릅니다.
증빙과 사전심사
이 공제는 세무조사 때 가장 많이 다투는 항목이기도 합니다. 연구원이 실제로 연구개발만 했는지, 그 과제가 연구개발에 해당하는지를 입증해야 하기 때문입니다. 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구원별 연구노트를 과제별로 작성해 5년간 보관해야 하고, 연구원이 영업이나 고객 대응을 겸했다는 정황이 나오면 인건비 전체가 부인될 수 있습니다.
국세청은 신고 전에 연구개발 해당 여부와 비용 범위를 미리 심사해주는 사전심사 제도를 운영합니다. 홈택스로 신청하면 되고, 심사 결과대로 신고하면 나중에 문제가 되어도 과소신고 가산세가 면제되고 신고내용 확인 대상에서 제외됩니다. 처음 공제를 받는 해에는 사전심사를 거치는 것을 권합니다.
회계사 관점에서 챙길 세 가지
벤처 확인과 함께 준비하세요. 연구개발전담부서를 두고 연간 연구개발비 5,000만원 이상을 지출하면 벤처기업 확인의 연구개발유형 요건이 됩니다. 창업 3년 이내라면 벤처 감면 50%와 이 공제 25%를 동시에 받을 수 있고, 둘 다 다른 감면·공제와 중복 배제가 없습니다.
연구원의 업무 범위를 처음부터 정리하세요. 소규모 회사는 개발자가 고객 문의도 받고 견적도 냅니다. 그 상태로 전담요원으로 등록하면 공제 전체가 위험해집니다. 연구개발만 하는 인원과 그 외 인원을 분리하고, 근로계약서와 조직도에 그 구분을 반영해두는 것이 증빙의 출발점입니다.
신고 누락은 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 전담부서를 등록해두고도 공제를 신청하지 않은 회사가 의외로 많습니다. 법정 신고기한 후 5년 이내면 경정청구가 되고, 이때도 연구노트 등 증빙이 있어야 합니다.
자주 묻는 질문
개발자가 1명뿐인데 되나요?
연구개발전담부서는 연구전담요원 1명부터 신고할 수 있습니다. 그 1명이 연구개발만 전담해야 합니다.
대표가 직접 개발하는데 대표 인건비도 되나요?
지분 요건을 넘는 주주 임원의 인건비는 제외되므로 대표 인건비는 대부분 공제되지 않습니다. 직원인 개발자 인건비가 대상입니다.
외주 개발비도 공제되나요?
위탁·공동연구개발비로 공제 대상입니다. 다만 단순 외주 제작이 아니라 연구개발 성격이어야 하고 계약서에 그 내용이 드러나야 합니다.
전담부서 인정 전에 쓴 개발비는요?
인정일 이후 발생분만 대상입니다. 소급되지 않습니다.
세무조사 때 문제가 되면 어떻게 되나요?
연구개발로 인정되지 않으면 공제액을 돌려내고 가산세가 붙습니다. 사전심사를 받아두면 가산세 면제 등 보호를 받습니다.
본인 사업장에는 어떻게 적용될까요
개발·설계·연구 인력이 한 명이라도 있다면 전담부서 등록 가능 여부와 예상 공제액을 바로 계산할 수 있습니다. 등록 절차, 연구노트 양식, 사전심사 신청까지 한 번에 준비해드립니다.
이 글은 2026년 9월 기준 조세특례제한법 제10조와 시행령을 바탕으로 한 일반적인 설명이며, 표의 금액은 가정에 따른 계산 예시입니다. 연구소·전담부서 인정 요건은 한국산업기술진흥협회 기준에 따르며, 개별 사업장의 적용 여부는 상담을 통해 확인하시기 바랍니다.